Son habilidades que el caballo tiene desde el momento de su nacimiento. No todos los potros las tienen necesariamente. Dependen de los padres, de su potencial genético y del BLUP medio de ambos. De este modo, un potro puede nacer con un 10 % de resistencia, por ejemplo.
Un potro no puede nacer con habilidades negativas. Si el BLUP medio de los padres es inferior a 0, el potro no tendrá habilidades innatas.
Las habilidades innatas se fijan en el momento del nacimiento y se añaden al potencial genético.
Ten en cuenta que las habilidades innatas se suman a las demás, por lo que una habilidad puede superar el valor indicado en el potencial genético. Este valor efectivo es el que se tiene en cuenta para el nivel mínimo de las competiciones.